La Unidad de Auditoría interna ministerial, fue creada mediante Resolución Exenta N°840, de 2 de julio de 1999, ejerce su función desde la unidad de auditoría interna de la Subsecretaría de Hacienda y su principal función es brindar apoyo a las autoridades del sector en materia de auditoría y control interno.

Sus Principales Funciones a saber son:

1. Preparar en conjunto con el Comité de Auditoría la ejecución de las Auditorías Gubernamentales que disponga S.E. el Presidente de la República, sobre la base de metodologías comunes, plazos y procedimientos de seguimiento, etc.
2. Proponer Auditorías Ministeriales a las autoridades del Ministerio para su  aplicación en los Servicios relacionados a la Cartera.
3. Llevar a cabo un seguimiento del grado de cumplimiento de las Auditorías Sectoriales de cada Servicio adscrito a la Cartera.
4. Presidir el Comité de Auditoría Ministerial integrado por los auditores internos de todos los servicios relacionados al Ministerio.
5. Desarrollar, en conjunto con el Comité de Auditoría metodologías comunes en la preparación de Auditorías en los diferentes Servicios del Sector.
6. Coordinar la acción permanente de las unidades de auditoría que lo integran, a través de la debida orientación de los planes de cada una.
7. Asistir a las reuniones del Comité Técnico Asesor del Consejo de Auditoría Interna General de Gobierno.
8. Elaborar informes de evaluación para las autoridades cuando corresponda.
9. Sugerir mejoras de control y de gestión sobre la base de auditoría del Ministerio.
10. Desarrollar actividades afines que le sean solicitadas por las autoridades del Ministerio.
11. Fijar reuniones periódicas del Comité de Auditoría e invitar a participantes cuyas opiniones se consideren relevantes por el Comité de Auditoría.
12. Mantener reserva respecto de las materias relacionadas con las funciones que le han sido asignadas.